Tímto skončila epocha nedávných chorvatských dějin poznamenaná bojem za vznik a mezinárodní uznání nezávislého Chorvatska, jeho obranou proti srbské agresi a osvobozením okupovaných území, jakož i snahou o návrat k mírovému způsobu života s četnými problémy při budování demokratického řádu a právního státu. Vše uvedené se projevilo i v postavení národnostních menšin. V souvislosti s Tuđmanovým úmrtím předsednictvo Svazu Čechů uspořádalo 12. prosince vzpomínkový večer.
Před volbami nabyl platnosti nový volební zákon, který Chorvatsko rozdělil do deseti volebních obvodů, z nichž každý volil 14 poslanců, zatímco národnostní menšiny měly i nadále poslanců pět. Příslušníci menšin získali právo na jeden hlas, takže se museli rozhodnout, zda budou volit jako občané, nebo jako příslušníci menšiny. Zákon také dával menšinovým institucím možnost navrhovat kandidáty. Na zasedání předsednictva 6. listopadu 1999 bylo rozhodnuto, že výkonný výbor předsednictva Svazu navrhne kandidáta Svazu a zašle návrh k diskusi do besed, které také mohou uvést své kandidáty, a poté bude na společném zasedání předsednictva a předsedů Svazu zvolen jeden kandidát.
Výkonný výbor nominoval Annu Vodvárkovou, na poslance kandidovali také Bohumil Kopecký, Zdenko Tomek, Siniša Njegovan Stárek a Tony Hnojčík. Kandidátkou Svazu Čechů byla tajným hlasováním zvolena Anna Vodvarková. Ve volbách 3. ledna 2003 kandidovali kromě výše uvedených na zástupce české a slovenské menšiny další tři straničtí kandidáti: Zdenka Čuchnilová, Karel Kučera a Jaroslav Vojta. Ve volbách zvítězila Zdenka Čuchnilová z Chorvatské rolnické strany HSS. Hlas pro ni byl považován za vyjádření politické příslušnosti, neboť Češi mohli mít pouze jeden hlas, a tak toho mnozí využili a hlasovali pro menšinového kandidáta a zároveň blízkou politickou stranu.
Zdenka Čuchnilová sice nebyla kandidátkou Svazu Čechů, ale prohlásila, že bude Svazu plně k dispozici. Ve volbách se HDZ po deseti letech vlády v Chorvatsku dostala do opozice a zvítězila koalice Sociálně demokratické strany (SDP) a Chorvatské sociálně liberální strany (HSLS), která sestavila vládu spolu s dalšími čtyřmi stranami (Chorvatská rolnická strana HSS, Chorvatská lidová strana HNS, Liberální strana LS a Istrijský demokratický sněm IDS), a novým premiérem se stal dlouholetý předseda SDP Ivica Račan. Kvůli úmrtí prezidenta Tuđmana se začátkem roku 2000 konaly prezidentské volby, v nichž byl druhým chorvatským prezidentem zvolen Stjepan Mesić. Na jeho inauguraci 18. února 2000 přijela do Záhřebu desítka prezidentů evropských zemí včetně českého prezidenta Václava Havla. Bylo to symbolické znamení, že s novou vládou bude Chorvatsko intenzivněji pokračovat v procesu evropské integrace a s ním spojené demokratizace politického a společenského života, což bude mít pozitivní důsledky pro postavení národnostních menšin. Již v prvním roce mandátu nové vlády byl přijat zákon o používání jazyků a písem národnostních menšin v Chorvatské republice a zákon o vzdělávání v jazycích a písmech národnostních menšin.
Ještě před zvolením Mesiće za prezidenta ve dnech 4.–8. února 2000 Chorvatsko navštívila delegace českého Senátu, která kromě Záhřebu navštívila také Daruvar, Končenice a Ivanovo Selo a zúčastnila se folklorního festivalu Vonička.
Předsednictvo Svazu Čechů na zasedání 11. března rozhodlo, že nového prezidenta Mesiće požádá o záštitu nad Dožínkami, které slaví 75. výročí, a opět pozve prezidenta V. Havla.
Valná hromada Svazu se konala 15. dubna 2000. Na návrh Josefa Matuška bylo jednomyslně rozhodnuto, že se jako začátek působení ústřední instituce české menšiny bude považovat 28. červen 1921, čímž Svaz Čechů oficiálně přijal kontinuitu s bývalým Československým svazem z doby Království Jugoslávie.
Předsedkyně Leonora Janotová a tajemnice Jarmila Kulhavá navštívily v květnu 2000 Českou republiku, kde jim ministerstvo školství představilo projekt Multimediální počítač do všech škol, v jehož rámci by měla každá škola v České republice dostat počítač s internetem, což by se mohlo týkat i obou českých škol v Chorvatsku. Navštívily také Senát, kde je přijala jeho předsedkyně Libuše Benešová, s níž se čelní představitelé české menšiny setkali i během jejího dubnového pobytu v Záhřebu.
Prezident Václav Havel v červenci opět navštívil Chorvatsko, tentokrát byl na oficiální státní návštěvě. Delegace Svazu Čechů se s V. Havlem setkala 9. července v rezidenci českého velvyslance, kde jí Havel řekl: „... i když jsou si naše země tak blízké, k setkání se zdejšími krajany dochází až tak pozdě. Sešel jsem se s menšinou na Novém Zélandu, v Americe, s vámi až teď. Přitom máme dávné a pevné vztahy. Jistě chápete, že zpoždění je způsobené něčím, za co my nemůžeme.“ Slavnostní večeře, kterou k Havlově poctě uspořádal prezident Stjepan Mesić, se zúčastnily také Leonora Janotová a Zdenka Čuchnilová. O dva týdny později, 22. července, Mesić navštívil Daruvar a osobně se zúčastnil zahájení Dožínek, a to jako první hlava státu, která kdy oficiálně Daruvar a Svaz Čechů navštívila. Ve svém projevu v Českém domě řekl, že menšiny musí státy spojovat: „Zvlášť zdůrazňuji přání, abyste i dále zůstali tak dobře organizováni. Musíme menšinám umožnit, aby rozvíjely svou kulturní činnost, udržovaly obyčeje, protože to tvoří mozaiku, která obohacuje náš stát,“ řekl Mesić.
Druhého dne Dožínek přednesl projev Mesićův poradce Zdravko Jelenović, který uvedl, že je to poprvé, kdy je prezidentská kancelář přítomna na obou dnech akce. „Nejde o kurtoazní gesto, velice nám totiž záleží na tom, abyste cítili naši opravdovou péči o národnostní menšiny, nejen ze strategicko-politických důvodů, ale z důvodů lidských, citových, humánních, které jsou často důležité i v politice. Zároveň je to důkaz chorvatských snah o legitimnost v Evropě, uznání demokratických principů a překonání xenofobní etnocentrické krize, jednoho období chorvatských dějin, které by mělo zůstat navždy za námi,“ řekl Jelenović. Na Dožínkách se sešlo asi 5000 lidí.
V dubnu 2001 proběhlo v Chorvatsku sčítání lidu, které zaznamenalo další pokles počtu Čechů: bylo jich 10 510, tedy o 2400 méně než v roce 1991.
Valná hromada Svazu Čechů přijala 26. května 2001 změny stanov, které umožnily mateřským školám být členkami Svazu, což doposud nešlo. Místo jednoho místopředsedy Svaz bude mít místopředsedy dva (zvoleni byli Jaroslav Vojta a Jiřina Staňová) a jako poradní orgán byla zavedena koordinace rad. Stanovy umožnily volbu čestných členů Svazu. Zazněl návrh, aby v předsednictvu byly zastoupeny všechny české besedy, ale to nemohlo být přijato s odůvodněním, že se předsednictvo volí na shromáždění a nikdo nemůže mít zaručené místo, a také proto, že takové předsednictvo by bylo příliš početné a neúčinné. Předsedkyní Svazu byla znovu zvolena Leonora Janotová, která se ve svém projevu zvlášť zmínila o finanční, materiální a odborné pomoci ze strany České republiky s tím, že doby, kdy se Česká republika o českou menšinu nestarala, jsou pryč. To potvrdil i český premiér Miloš Zeman, který navštívil Chorvatsko v červnu 2001. V Českém domě v Záhřebu se setkal se zástupci české menšiny a přislíbil pokračování pomoci, což potvrdil i ministr zahraničí Jan Kavan, který v dopise Leonoře Janotové o projektu obnovy českých domů navrhl také spojení s českými podnikateli.
V souvislosti s rozhodnutím brát 28. červen 1921 jako den založení Svaz oslavil 24. listopadu 2001 pod záštitou předsedy chorvatského parlamentu Zlatka Tomčiće, který se oslavy zúčastnil osobně, a českého a slovenského velvyslance Jiřího Kudĕly a Jána Petríka své 80. výročí. Na oslavě byl Josefu Matuškovi, nejvýznamnějšímu pracovníkovi české menšiny a dlouholetému funkcionáři Svazu, slavnostně předán diplom čestného členství, o kterém předsednictvo rozhodlo 16. listopadu. U příležitosti 80. výročí Svazu byla na úrovni celé menšiny představena nová akce Krajanské zpěvánky – přehlídka českých pěveckých skupin a sborů, která se poprvé konala 27. října 2001 v Rijece. Zpěvánky se každoročně konaly i nadále, a to v několika městech.
V následujícím roce získal Svaz Čechů významné uznání za svou práci České republiky, Cenu Gratias agit za šíření dobrého jména České republiky ve světě. Slavnostní předání ceny se konalo 4. června 2002 v Praze, ocenění převzaly předsedkyně L. Janotová a tajemnice J. Kulhavá. Svaz na ocenění navrhl Československý ústav zahraniční a podpořili ho Společnost přátel jižních Slovanů v Brně, ředitel Historického ústavu Akademie věd ČR Jaroslav Pánek a další. L. Janotová měla čest poděkovat jménem všech oceněných. Aktivitám české menšiny se dostalo větší pozornosti i z chorvatské strany, takže v roce 2002 náměstkyně ministra kultury Biserka Cvjetičaninová na Dožínkách v Daruvaru prohlásila, že na příští Dožínky by měli být pozváni zástupci UNESCO a Rady Evropy. Text Marijan Lipovac, přel. žp, foto archiv Jednoty a Svazu Čechů
